medlit-research

name medlit-research description 医学文献检索、批判性评价与综合分析。支持PubMed/Embase/Cochrane多数据库检索、PMC全文获取、AI辅助分析、研究质量评价、系统综述写作。使用场景：(1)检索多数据库医学文献，(2)自动获取PMC开放获取全文，(3)基于全文的深度批判性评价，(4)AI辅助PICO提取与质量评价，(5)辅助系统综述和Meta分析。 医学文献检索与批判性评价 综合医学文献检索、全文获取、AI辅助分析、质量评价和分析工具，支持循证医学实践。 核心功能 多数据库检索 - PubMed + Embase + Cochrane PMC全文获取 - 自动识别并下载开放获取文献 全文深度评价 - 基于完整论文的结构化批判性评价 AI辅助分析 - 自动提取PICO、生成摘要、评价研究质量 多维度分析 - 从摘要到全文的多层次质量评估 快速开始 # 1. 安装依赖 export NCBI_EMAIL= "your_email@example.com" # 必填，遵守 NCBI 使用条款 # 2. 检索文献 python3 scripts/multi_database_search.py "intestinal fibrosis" --dbs pubmed --max 20 -- date 2022:2025 # 3. 获取全文 python3 scripts/pmc_fulltext.py PMC1234567 > paper.txt # 4. AI 分析（需要 mmx CLI 已登录） python3 scripts/ai_assistant.py paper.txt all # 5. 质量评价 python3 scripts/fulltext_appraisal.py RCT 前提 : mmx CLI 已安装并登录 ( mmx auth login )。AI 分析通过 MiniMax M2.7 模型工作。 使用场景 场景1: 多数据库联合检索 # 多数据库检索（PubMed + Embase + Cochrane） python3 scripts/multi_database_search.py "intestinal fibrosis" \ --dbs pubmed,embase,cochrane \ --max 20 \ -- date 2022:2025 # 仅检索PubMed python3 scripts/multi_database_search.py "liver cirrhosis treatment" \ --dbs pubmed \ --max 30 场景2: 检查文献可获取性并获取全文 # 检查单篇文献的开放获取状态 python3 scripts/pmc_fulltext.py 39024569 # 直接通过PMC ID获取全文 python3 scripts/pmc_fulltext.py PMC10850402 输出包含： 可获取性状态（开放获取/PMC免费/仅摘要） 全文内容（标题、摘要、分节文本） 自动提取的关键信息（研究设计、样本量、主要发现等） 场景3: 基于全文的深度批判性评价 # 生成全文评价清单（RCT） python3 scripts/fulltext_appraisal.py RCT # 生成系统综述评价清单 python3 scripts/fulltext_appraisal.py systematic_review # 生成观察性研究评价清单 python3 scripts/fulltext_appraisal.py observational 评价维度： 必需项目 (Essential) - 影响研究质量的关键要素 重要项目 (Important) - 提升研究质量的重要要素 可选项目 (Optional) - 增强透明度的补充要素 场景4: AI辅助文献分析 # AI分析单篇文献（提取PICO + 质量评价 + 临床建议） python3 scripts/ai_assistant.py paper.txt all # 仅提取PICO要素 python3 scripts/ai_assistant.py paper.txt pico # 生成一句话核心发现 python3 scripts/ai_assistant.py paper.txt summary # 研究质量评价 python3 scripts/ai_assistant.py paper.txt quality AI分析输出包括： PICO提取 - 自动识别研究人群、干预、对照、结局 一句话总结 - "在[人群]中，[干预]相比[对照]，[主要结局]" 质量评价 - 证据等级、GRADE质量、优缺点分析 临床建议 - 是否推荐使用、适用人群、关键考虑因素 场景5: 完整工作流程 # 1. 多数据库检索 python3 scripts/multi_database_search.py "主题词" -- date 2022:2025 --max 30 > search_results.json # 2. 筛选开放获取文献并获取全文 python3 scripts/pmc_fulltext.py PMID > fulltext.json # 3. AI辅助分析（自动提取关键信息） python3 scripts/ai_assistant.py fulltext.txt all > ai_analysis.json # 4. 全文深度评价 python3 scripts/fulltext_appraisal.py RCT > appraisal_template.json # 5. 填写评价结果并计算质量评分 # （结合AI分析结果和人工评价） 数据库支持 PubMed (已配置) ✅ 完整支持 ✅ 通过NCBI E-utilities API ✅ 无需API Key ⚠️ 速率限制: 每秒3次请求 Embase (需配置) ⏳ 需要Elsevier API Key 配置方法: export EMBASE_API_KEY= "your_api_key_here" 获取API Key: https://dev.elsevier.com/ Cochrane Library (手动) 📖 建议通过网页搜索 替代方案: PubMed中使用 "cochrane database syst rev"[ta] 过滤器 直接访问: https://www.cochranelibrary.com/ PMC全文获取 可获取性类型 Open Access - 完全开放获取 PMC Free - PubMed Central免费全文 Free Article - 出版商免费提供 Abstract Only - 仅摘要可用 全文结构解析 获取的全文自动解析为： Title - 标题 Abstract - 摘要 Introduction - 引言/背景 Methods - 方法 Results - 结果 Discussion - 讨论 Conclusion - 结论 Full Text - 完整文本 关键信息自动提取 系统自动提取： 研究设计类型 样本量 干预措施 主要结局 统计方法 关键发现 作者声明的局限性 AI辅助分析工具 ai_assistant.py - 智能文献分析 功能 : 自动提取关键信息、生成摘要、评价质量 分析维度 : 1. PICO自动提取 Population - 样本量、人群特征、纳排标准 Intervention - 干预措施细节、剂量、疗程 Comparison - 对照类型、对照措施 Outcomes - 主要/次要结局、随访时间 2. 一句话总结 格式规范： 在[研究人群]中，[干预措施]相比[对照措施]， [主要发现/效应量]（证据质量：[GRADE等级]） 3. 质量评价 (GRADE框架) 证据质量 - 高/中/低/极低 降级因素 - 研究局限、不一致性、间接性、不精确、发表偏倚 升级因素 - 大效应、剂量反应、残余混杂 优缺点分析 - 关键优势和局限性 4. 临床适用性建议 推荐强度 - 强烈推荐/有条件推荐/不推荐 适用人群 - 研究人群的外推性 关键考虑 - 实施时的注意事项 使用示例 : # 准备文献文本文件（标题+摘要） echo "标题: ... 摘要: ..." > paper.txt # 全面分析 python3 scripts/ai_assistant.py paper.txt all # 输出JSON格式，便于后续处理 python3 scripts/ai_assistant.py paper.txt all > analysis.json 与人工评价结合 : AI分析作为初筛和辅助，最终临床决策仍需专业人员结合全文和临床经验判断。 批判性评价工具 全文深度评价 (fulltext_appraisal.py) 基于完整论文的深度评价 符合CONSORT、PRISMA等报告规范 结构化分节评价 自动计算质量评分 评价维度 RCT评价维度 (基于CONSORT) 标题和摘要 (3项) 引言 (3项) 方法 (9项) 结果 (6项) 讨论 (3项) 其他 (3项) 系统综述评价维度 (基于PRISMA) 标题和摘要 (2项) 引言 (3项) 方法 (10项) 结果 (8项) 讨论 (3项) 观察性研究评价维度 (基于STROBE) 方法 (7项) 结果 (4项) 质量评分系统 必需项目 (Essential): 权重最高，缺失严重影响质量 重要项目 (Important): 权重中等，缺失影响可信度 可选项目 (Optional): 权重较低，增强透明度 总体判断标准 : ≥90% 必需项目满足 → 低偏倚风险 (Low Risk) 70-89% 必需项目满足 → 存在一些担忧 (Some Concerns) <70% 必需项目满足 → 高偏倚风险 (High Risk) 检索策略建议 构建有效检索式 # PICO框架 (Patient terms) AND (Intervention terms) AND (Outcome terms) # 示例 ("Crohn disease"[mh] OR "Crohn*"[tiab]) AND ("fibrosis"[mh] OR "fibrotic"[tiab] OR "stricture*"[tiab]) 常用过滤器 RCT过滤器 : randomized controlled trial[pt] OR (randomized[tiab] AND controlled[tiab] AND trial[tiab]) 系统综述过滤器 : systematic review[pt] OR meta-analysis[pt] OR ("systematic review"[ti] AND review[pt]) 人类研究 : Humans[mh] NOT Animals[mh] 英文文献 : English[la] 近3年 : (2022:2025[dp]) 输出格式 AI辅助分析结果 { "pico" : { "population" : "肝硬化伴食管静脉曲张患者 (n=120, 平均年龄58岁)" , "intervention" : "普萘洛尔 40mg bid + 内镜套扎术" , "comparison" : "单独内镜套扎术" , "outcomes" : [ "静脉曲张再出血率" , "死亡率" , "不良反应" ] , "study_design" : "多中心随机对照试验" } , "one_sentence_summary" : "在肝硬化伴食管静脉曲张患者中，普萘洛尔联合内镜套扎术相比单独套扎术可显著降低再出血率（证据质量：高）" , "clinical_significance" : "对于高危静脉曲张患者，联合治疗可能降低再出血风险约40%" , "quality" : { "study_design" : "多中心RCT" , "evidence_level" : "I级" , "evidence_quality" : "高" , "key_strengths" : [ "多中心设计" , "样本量充足" , "ITT分析" , "盲法充分" ] , "key_limitations" : [ "随访时间仅12个月" , "未报告生活质量" , "失访率偏高" ] , "bias_risk" : "低" , "applicability" : "适用于肝功能Child-Pugh A-B级患者" } , "statistics" : { "effect_size" : "HR 0.58 (95%CI 0.42-0.81)" , "p_value" : "<0.001" , "clinical_importance" : "有临床意义" } , "recommendation" : { "clinical_use" : "强烈推荐" , "target_population" : "肝硬化伴中-重度食管静脉曲张患者" , "key_considerations" : [ "需监测心率" , "禁忌于严重心衰" , "需患者依从性好" ] , "confidence" : "高" } } 多数据库检索结果 { "query" : "检索词" , "databases_searched" : [ "pubmed" , "embase" , "cochrane" ] , "results_by_database" : { "pubmed" : { ... } , "embase" : { ... } , "cochrane" : { ... } } , "summary" : { "total_articles_found" : 150 } } PMC全文获取结果 { "pmid" : "12345678" , "pmcid" : "PMC1234567" , "status" : "success" , "article_info" : { "title" : "..." , "abstract" : "..." , "sections" : { ... } , "full_text" : "..." } , "analysis" : { "study_design" : "RCT" , "sample_size" : 256 , "key_findings" : [ ... ] } } 全文评价结果 { "study_type" : "RCT" , "overall_judgment" : "low_risk" , "essential_items" : { "answered" : 25 , "total" : 27 , "score" : 92.6 } , "sections" : { "methods" : { "items" : [ ... ] } } } 最佳实践 系统综述工作流程 制定检索策略 使用PICO明确研究问题 构建多数据库检索式 设定日期和语言限制 执行多数据库检索 python3 scripts/multi_database_search.py "query" --dbs pubmed,embase -- date 2020:2025 --max 100 去重和筛选 使用文献管理软件去重 根据标题/摘要初筛 获取全文进行复筛 获取开放获取全文 # 批量检查可获取性 for pmid in pmid_list; do python3 scripts/pmc_fulltext.py $pmid >> fulltexts.json done AI辅助预分析 (新增) # 批量AI分析提取关键信息 for txt in fulltexts/*.txt; do python3 scripts/ai_assistant.py " $txt " all >> ai_analysis.json done 全文质量评价 使用fulltext_appraisal.py生成清单 结合AI分析结果作为参考 两位评价者独立评价 解决分歧，计算一致性 数据提取和合成 提取关键数据 进行Meta分析（如适用） 评估证据质量（GRADE） AI辅助最佳实践 适用场景 快速初筛大量文献 提取结构化信息（PICO、效应量） 生成标准化的质量评价框架 辅助撰写文献总结 使用建议 AI分析作为 辅助工具 ，不替代专业判断 对AI提取的关键信息（如样本量、效应量）应 人工核实 临床推荐需结合 患者具体情况 和 临床专家意见 建议 双人独立 使用AI工具后交叉验证