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name doctor description 环境检查与安装向导。检查 MathModelAgent V2.6 工作流所需依赖是否已安装，对缺失项提供安装命令，并在用户确认后执行安装。手动触发。 allowed-tools Bash(*), Read, Write Doctor 环境检查与安装向导 文件关系全貌请见 [[FILE_RELATIONSHIP_MAP]] · 独立工具，不参与工作流阶段调度 · 共享规范: [[skills/_references/SKILL|_references]] 本 skill 检查 MathModelAgent V2.6 工作流所需工具是否已就绪，并帮助用户安装缺失项。只在用户显式触发时运行，不自动执行。 检查项清单 核心工具 工具 用途 检测命令 typst Typst 论文编译 command -v typst xelatex LaTeX 论文编译，中文模板常用 command -v xelatex python3 / python 数值计算、RAG、审计脚本 command -v python3 或 command -v python drawio / draw.io 流程图导出，选装 command -v drawio 或 command -v draw.io pdftoppm PDF 视觉检查，选装 command -v pdftoppm mutool PDF 视觉检查备用，选装 command -v mutool magick PDF/图像处理备用，选装 command -v magick Python 包 包 用途 numpy 数值计算 scipy 科学计算、优化求解 pandas 数据处理 matplotlib 图表生成 scikit-learn 机器学习建模 openpyxl 读写 Excel 数据附件 chromadb 本地 RAG 向量库，选装 sentence-transformers 本地 embedding，选装 科研绘图增强，选装 项 用途 检测命令 nature-figure 可选接入 Yuan1z0825/nature-skills ，增强论文级科研绘图 python skills/_references/scripts/resolve_nature_figure.py --workspace <workspace> audit_v2_run.py V2 只读审计 PNG-only、Pillow 数据图、缺矢量包、短论文误 PASS 等问题 python skills/_references/scripts/audit_v2_run.py --workspace <workspace> svglite / ragg / patchwork R 后端投稿级 SVG/PDF/TIFF 导出 Rscript -e "library(svglite); library(ragg); library(patchwork)" 工作流程 Step 1: 检测当前平台 case " $(uname -s) " in Darwin) echo "PLATFORM=mac" ;; Linux) echo "PLATFORM=linux" ;; MINGW*|MSYS*|CYGWIN*) echo "PLATFORM=windows" ;; *) echo "PLATFORM=unknown" ;; esac Windows 下优先使用 winget，备用 scoop 或 choco。Linux 下优先使用 apt，备用 dnf 或 pacman。 Step 2: 检查所有工具 check_cmd () { if command -v " $1 " >/dev/null 2>&1; then echo "OK $1 ( $(command -v " $1 " ) )" else echo "MISS $1 " fi } check_cmd typst check_cmd xelatex check_cmd python3 || check_cmd python command -v drawio >/dev/null 2>&1 || command -v draw.io >/dev/null 2>&1 \ && echo "OK drawio" || echo "MISS drawio" check_cmd pdftoppm check_cmd mutool check_cmd magick Check Python packages: python3 - << 'PYEOF' import importlib import importlib.metadata as meta pkgs = [ "numpy" , "scipy" , "pandas" , "matplotlib" , "sklearn" , "openpyxl" , "chromadb" , "sentence_transformers" ] for p in pkgs: try: importlib.import_module(p) dist = { "sklearn" : "scikit-learn" , "sentence_transformers" : "sentence-transformers" }.get(p, p) try: ver = meta.version(dist) except Exception: ver = "?" print (f "OK {p} ({ver})" ) except ImportError: print (f "MISS {p}" ) PYEOF Check optional Nature Figure: python3 skills/_references/scripts/resolve_nature_figure.py --workspace . 2>/dev/null || \ python skills/_references/scripts/resolve_nature_figure.py --workspace . 2>/dev/null || true Step 3: 输出检查报告 整理成类似格式： 状态 工具/包 说明 ---- -------- ---- ✓ typst 0.13.0 论文编译 ✗ drawio DrawIO 导出 PDF，选装 ✓ python3 3.11.x 数值计算 ✗ scipy 科学计算，选装 必须项： typst 或 xelatex 至少一个、Python、 numpy 、 pandas 、 matplotlib 。 可选项： drawio 、PDF 转 PNG 工具、 scipy 、 scikit-learn 、 openpyxl 、RAG 依赖、Nature Figure、R 绘图包。 Step 4: 提供安装命令 只对缺失项输出对应平台命令。 typst 平台 命令 macOS brew install typst Linux snap install typst 或从 GitHub Releases 下载二进制 Arch pacman -S typst Windows winget winget install Typst.Typst Windows scoop scoop install typst 通用 cargo install --locked typst-cli xelatex xelatex 包含在主流 TeX 发行版中。 平台 命令 macOS brew install --cask mactex 或 brew install texlive Linux apt sudo apt install texlive-full Linux dnf sudo dnf install texlive-scheme-full Arch sudo pacman -S texlive Windows winget install MiKTeX.MiKTeX 或 winget install TeXLive Python 包 pip install numpy scipy pandas matplotlib scikit-learn openpyxl pip install chromadb sentence-transformers nature-figure，选装 git clone https://github.com/Yuan1z0825/nature-skills.git export NATURE_SKILLS_ROOT= " $(pwd) /nature-skills" python skills/_references/scripts/resolve_nature_figure.py --workspace . Windows PowerShell: $env:NATURE_SKILLS_ROOT = "C:\path\to\nature-skills" python skills/_references/scripts/resolve_nature_figure.py --workspace . R 后端按需安装： install.packages ( c ( "ggplot2" , "patchwork" , "svglite" , "ragg" , "ggrepel" ) ) drawio 平台 命令 macOS brew install --cask drawio Linux 从 drawio-desktop Releases 下载 AppImage 或 deb Windows winget install JGraph.Draw PDF 工具 # macOS brew install poppler mupdf imagemagick # Debian/Ubuntu sudo apt install poppler-utils mupdf-tools imagemagick # Windows winget install oschwartz10612.poppler winget install ImageMagick.ImageMagick Step 5: 询问用户是否安装 列出所有缺失的必须项后，询问用户： 以上必须项缺失，是否现在安装？(y/N) 若用户确认，按检测到的平台依次执行安装命令，每步完成后打印结果。 若用户拒绝或只有可选项缺失，打印可手动执行的命令列表并退出。 安装完成后重新运行 Step 2，确认已生效。 Step 6: 最终摘要 Doctor 检查完成 必须项：5/5 ✓ 可选项：2/4，drawio、scipy 缺失 工作流就绪状态： mm-start-contest-v2 ✓ 论文编译 ✓ 数据图表 ✓ Control Center ✓ nature-figure 可选 注：V1 工作流已归档，不再单独列出其状态。 注意事项 执行安装前必须获得用户明确确认，不得静默安装。 Windows 下建议在 PowerShell 管理员模式或 Git Bash 中运行，部分命令需要管理员权限。 Linux 的 sudo 命令会请求密码，执行前告知用户。 drawio 和 PDF 转 PNG 工具缺失不影响核心工作流，仅影响导出质量。 如平台检测为 unknown，打印所有平台命令供用户手动选择。